Repeat-Expansionen

ExpansionHunter

An bestimmten Stellen des Genoms wiederholt sich ein kurzes Motiv vielfach. Überschreitet die Zahl der Wiederholungen einen locusspezifischen Schwellenwert, entstehen neurologische Erkrankungen. Genome schätzt die Wiederholungszahl an definierten Loci gezielt.

REPEAT-EXPANSIONEN · SCHWELLENWERTE Normalbereich pathogen HTT (CAG)n ≥ 40 Chorea Huntington FMR1 (CGG)n 55-200 Fragiles-X-Syndrom C9orf72 (GGGGCC)n ≥ 30 ALS / FTD Schwellen sind locusspezifisch; ExpansionHunter schätzt die Kopienzahl aus gezielten Reads.

Warum Repeats besonders sind

Eine Expansion kann instabil sein und über Generationen wachsen (Antizipation). Sie verändert oft nicht ein Protein direkt, sondern stört Transkription, Spleißen oder erzeugt toxische RNA. Deshalb ist die genaue Wiederholungszahl, nicht nur die Anwesenheit, klinisch entscheidend.

Wie Genome auswertet

Genome nutzt ExpansionHunter. Das Werkzeug richtet Reads gegen ein Sequenzgraph-Modell des jeweiligen Locus aus und schätzt daraus die Wiederholungszahl, auch wenn einzelne Reads den Repeat nicht vollständig überspannen. Genome stellt ExpansionHunter ausschließlich als Repeat-Evidenz dar, nicht als Nachweis kleiner Varianten.

Was Genome misst. Die geschätzte Wiederholungszahl pro Allel an gezielten Repeat-Loci, mit Bezug zum locusspezifischen Normalbereich und pathogenen Schwellenwert.

Verwandte Themen

StrukturvariantenLp(a) und KIV-2

Quellen

  1. 1Dolzhenko et al., 2019 ExpansionHunter: a sequence-graph-based tool to analyze variation in short tandem repeat regions. Bioinformatics 35:4754–4756. doi.org/10.1093/bioinformatics/btz431
  2. 2Depienne & Mandel, 2021 30 years of repeat expansion disorders: what have we learned and what are the remaining challenges?. American Journal of Human Genetics 108:764–785. doi.org/10.1016/j.ajhg.2021.03.011