KIR-Gene

T1K

KIR (Killer-cell Immunoglobulin-like Receptors) sitzen auf natürlichen Killerzellen und tasten HLA-Klasse-I-Moleküle anderer Zellen ab. Der KIR-Genkomplex auf Chromosom 19 ist hochvariabel: Menschen unterscheiden sich in Anzahl und Art ihrer KIR-Gene. Genome genotypisiert KIR aus Sequenzdaten.

KIR-REZEPTOR · NK-ZELLE HLA-LIGAND · ZIELZELLE KIR2DL1 inhibitorisch HLA-C Gruppe 2 C2 · Lysin 80 KIR2DL2 / 2DL3 inhibitorisch HLA-C Gruppe 1 C1 · Asparagin 80 KIR3DL1 inhibitorisch HLA-B Bw4-Motiv KIR3DL2 inhibitorisch HLA-A A*03 / A*11 Fehlt das Selbst-HLA-I (missing self), entfällt die Hemmung und die NK-Zelle wird aktiviert.

Ein variabler Genkomplex

Der KIR-Locus umfasst bis zu 14 Gene, die nicht bei jedem Menschen alle vorhanden sind. Man unterscheidet zwei Haplotyp-Gruppen: A-Haplotypen sind überwiegend inhibitorisch, B-Haplotypen enthalten mehr aktivierende KIR. Diese Vielfalt entsteht durch Genduplikation und -deletion und macht KIR ähnlich anspruchsvoll wie HLA.

Wie Genome genotypisiert

Genome nutzt T1K, das KIR- und HLA-Allele direkt aus kurzen Reads bestimmt, indem es gegen die IPD-KIR-Referenz abgleicht. T1K liefert pro Locus Allel-Calls mit Qualitätswerten. Damit ersetzt es das frühere Werkzeug Geny und deckt KIR-Genotypisierung und HLA-Typisierung in einem Schritt ab.

Was Genome misst. Welche KIR-Gene vorhanden sind und in welchen Allelen, jeweils mit Qualitätswert pro Call. Der Komplex wird als unabhängige technische Evidenz neben der HLA-Typisierung dargestellt.

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HLA-TypisierungKIR-HLA-Ligandenkontext

Quellen

  1. 1Song et al., 2023 T1K: efficient and accurate KIR and HLA genotyping with next-generation sequencing data. Genome Research 33:1093–1103. doi.org/10.1101/gr.277585.122
  2. 2Parham & Moffett, 2013 Variable NK cell receptors and their MHC class I ligands in immunity, reproduction and human evolution. Nature Reviews Immunology 13:133–144. doi.org/10.1038/nri3370
  3. 3Robinson et al., 2015 The IPD and IPD-IMGT/HLA Database: allele variant databases (IPD-KIR). Nucleic Acids Research 43:D423–D431. doi.org/10.1093/nar/gku1161