rsIDs, Microarray und SNP-Suche

rs steht für Reference SNP. Die Nummer ist ein Eintrag in der dbSNP-Datenbank des NCBI, der eine genaue Position und die dort bekannten Varianten festhält. Der Vorteil: Während sich Koordinaten zwischen Referenz-Builds (GRCh37, GRCh38) verschieben, bleibt die rsID dieselbe. So kann man eine Variante eindeutig benennen und in der Literatur wiederfinden.

Das Referenz-Allel ist der Buchstabe, der im Referenzgenom steht; das Alternativ-Allel ist die abweichende Variante. Wichtig ist eine dritte Rolle: das Effektallel ist dasjenige, für das eine Studie eine Wirkung berichtet. Das muss nicht das seltene oder das alternative Allel sein. Eine Aussage wie „das T-Allel erhöht das Risiko“ ist nur mit dieser Angabe interpretierbar.

Du hast jedes autosomale Gen zweimal, also nennt der Genotyp beide Allele, zum Beispiel C/C, C/T oder T/T. C/C und T/T sind homozygot (zwei gleiche), C/T ist heterozygot. Viele Effekte sind dosisabhängig: ein Risikoallel wirkt schwächer als zwei. Manche Anbieter notieren die Allele auf dem Minus-Strang, sodass aus C/T scheinbar G/A wird. Das ist dieselbe Variante, nur anders herum geschrieben.

Ein Microarray misst nur ausgewählte, vorab festgelegte Positionen (typisch einige hunderttausend). Vollständige Sequenzierung (WGS) liest das ganze Genom und kann jede dieser Positionen nachbilden, plus alle dazwischen. Genome nutzt das: Es liest an jeder gewünschten Stelle die Allele aus dem Alignment und schreibt sie im Format von 23andMe, AncestryDNA oder GEDmatch heraus, damit eigene Daten in vertraute Werkzeuge passen. Nichts davon verlässt das Gerät.

Ein einzelner SNP ist selten ein Urteil. Die meisten Effekte sind klein, hängen von Abstammung, Lebensstil und anderen Genen ab und stammen aus Assoziationsstudien, nicht aus Kausalbeweisen. Array-Befunde können zudem an einzelnen Positionen falsch sein. Die Einzelseiten zu den Vitaminen und Genen erklären, was für wichtige Marker wirklich belegt ist und was nicht.

Für die Vitamine gibt es jeweils eine eigene Seite mit den belegten Markern, Effektallelen und Quellen: Vitamin A (BCMO1), Vitamin B6 (ALPL), Vitamin B9 / Folat (MTHFR), Vitamin B12 (FUT2, CUBN, TCN2), Vitamin C (SLC23A1), Vitamin D (GC, DHCR7, CYP2R1, VDR), Vitamin E (CYP4F2, SCARB1), Vitamin K (VKORC1) sowie die antioxidativen Enzyme (SOD2, GPX1, CAT, NQO1). Sie folgen alle demselben Aufbau: Marker, Bedeutung, Einordnung.

Über Vitamine und Enzyme hinaus stellt Genome Built-in-Panels für Pharmakogenetik (darunter CYP2C19, CYP2C9, CYP2D6, DPYD, TPMT, SLCO1B1 und HLA-Hypersensitivität), krankheitsassoziierte Marker (MTHFR, APOE, kardiovaskulär, Autoimmunität, Krebs), Eisenstoffwechsel (HFE C282Y und H63D, TMPRSS6), Entgiftung (GSTP1, COMT, CYP1A1), Sportgenetik (ACTN3, PPARGC1A), Schlaf (DEC2, ADA, CLOCK) und Laktose/Koffein bereit. Jedes Panel enthält rsIDs, Genotyp-Interpretationen und die zugrundeliegenden PubMed-Quellen.