WGS, SNP-Test und WES

Für eine breite spätere Sequenzauswertung bietet WGS in der Regel mehr Informationen als ein SNP-Array oder WES. Das macht WGS nicht für jede Fragestellung zur besten oder wirtschaftlichsten Wahl: Ein Array kann für bekannte Marker genügen, und WES kann gezielt auf kodierende Gene ausgerichtet sein. Vor einer Sequenzierung sollten Zweck, Qualitätsanforderungen, Kosten, Datenschutz und Zugriff auf die Rohdaten geklärt werden.

Ein SNP-Array prüft eine vorab ausgewählte Gruppe von Positionen. Es kann für bestimmte Abstammungsmodelle oder die Abfrage gemessener Marker nützlich sein. Nicht enthaltene Positionen wurden nicht direkt gemessen; manche Anbieter ergänzen Schätzwerte, die als solche erkennbar sein sollten. Ob ein vorhandener Export für eine konkrete Frage reicht, hängt davon ab, ob die benötigten Marker tatsächlich und mit ausreichender Qualität enthalten sind.

WES zielt auf Exons, also die Abschnitte, die nach dem Spleißen meist in Proteine übersetzt werden. Die tatsächliche Abdeckung variiert je nach Capture-Design und Labor. Nichtkodierende Regionen und manche Struktur- oder Wiederholungsvarianten werden damit weniger umfassend erfasst. WES kann für klar definierte Fragen geeignet sein, ersetzt aber keine vollständige Sequenzierung.

WGS erfasst Sequenzinformation auch außerhalb von Exons und kann damit mehr Arten späterer Auswertung ermöglichen. Das Ergebnis bleibt von Sequenziertiefe, Probenqualität, Referenz und Auswertungsverfahren abhängig. Schwierige Regionen, Wiederholungen und strukturelle Veränderungen können auch in WGS-Daten unvollständig oder mehrdeutig sein. Ob eine neue Fragestellung ohne erneute Laboranalyse beantwortet werden kann, hängt von den vorhandenen Dateien und der benötigten Methode ab.

FASTQ enthält die gelesenen Sequenzfragmente samt Qualitätswerten. BAM oder CRAM enthalten ausgerichtete Reads; VCF enthält bereits aufgerufene Varianten. Die Dateien sind nicht austauschbar und ihre Eignung hängt vom Workflow ab. Kläre mit dem Anbieter, welche Original- und Begleitdateien verfügbar sind, welche Referenz verwendet wurde und wie lange die Dateien sicher aufbewahrt werden können.

WGS kann für breite Sequenzauswertungen eine passende Grundlage sein, liefert aber nicht automatisch einen klinisch verwertbaren Befund. Qualitätskontrolle, Abdeckung, Laborverfahren, Datenschutz, Kosten, Dateizugriff und Fragestellung bleiben entscheidend. Ein WGS-Datensatz ersetzt weder eine ärztliche Diagnose noch eine klinische Bestätigung, wenn ein Ergebnis medizinische Konsequenzen haben könnte.