Release Notes.

Behoben

• Der Bereitschaftspunkt ‘Verzeichnisse’ im Kopfbalken prüfte bisher nur, ob die Pfade gesetzt waren, nicht ob sie tatsächlich erreichbar sind. Dadurch stand er auf grün, obwohl ein Verzeichnis (etwa eine nicht eingebundene externe Platte) nicht erreichbar war. Er nutzt jetzt dieselbe Erreichbarkeitsprüfung wie die Datenverwaltung: Fehlt oder ist die Referenzbibliothek nicht erreichbar, ist der Punkt rot; ist ein anderes gesetztes Verzeichnis (Ausgabe, temporäres Verzeichnis, Tools-Installationspfad) nicht erreichbar, ist er gelb; erst wenn alle gesetzten Verzeichnisse erreichbar sind, ist er grün. Der Tooltip listet alle vier Verzeichnisse mit ihrem Erreichbarkeitsstatus.

Release und Download

Genome 1.5.0 ist als aktueller macOS-Download veröffentlicht.

• Download: Genome-1.5.0.dmg
• Größe: 13.55 MB
• SHA256: 300e891ee153fb5ed4068380c7b03d0d52da90f1345a5298811c0912660243bd
• Mindestversion: macOS 14.0

Einzelgen-Analyse und Coverage

• Neuer Befund-Status ‘nicht bewertet’ (notEvaluated), wenn für ein Gen keine ClinVar-Annotation vorliegt. Er ist bewusst vom Status ‘nicht beurteilbar’ (zu geringe Coverage) getrennt, damit eine fehlende Datenbasis nicht als unauffällig erscheint. Die Scoring- und Calling-Logik bleibt byte-identisch.
• Der neue Coverage-Inspektor im Analyse-Tab macht die mosdepth-Lesetiefe sichtbar: mittlere Tiefe gegen das 30x-Ziel, Minimum und Maximum sowie die Verteilung je Chromosom.

Pipeline und Wiederaufnahme

• Ein unterbrochener Lauf kann fortgesetzt statt neu gestartet werden. Ein Banner bietet Fortsetzen oder Neustart an; bereits fertige, integre Schritte werden übersprungen.
• Zwischendateien werden atomar geschrieben (erst .partial, dann umbenannt), und abgeschnittene BAM/VCF-Dateien werden über eine BGZF-Tiefenprüfung erkannt und neu erzeugt.

Import und Bedienung

• Drag-and-Drop von BAM/CRAM/SAM, FASTQ und SNP-Listen auf das Fenster sowie ‘Öffnen mit’ aus dem Finder, beide über denselben Datei-Router.
• Native App-Menüs und Tastaturkürzel: Dateien laden mit Cmd-O, SNP-Liste mit Cmd-Shift-O, laufenden Vorgang abbrechen mit Cmd-Punkt.
• Das Hauptfenster merkt sich Größe und Position über Neustarts. Reduce-Motion wird respektiert (ruhende Balken und Texte). Abschluss-Hinweise und das ‘Im Finder zeigen’-Angebot sind über alle eigenständigen Vorgänge konsistent.

Reproduzierbarkeit und Feinschliff

• Das Lauf-Manifest enthält jetzt Tool-Versionen, die SHA-256 der Referenz (mit Sidecar) und einen conda-Umgebungs-Schnappschuss (conda list --explicit).
• VCF-Werkzeuge um Normalisieren (Left-Align und Multiallel-Split) und Soft-Filter (FILTER=LowQual statt Verwerfen) erweitert; ein nicht-blockierender VCF-Header-Check warnt vor dem Export.
• Variant-Caller-Schwellen (QUAL/DP) in eine auditierbare Konfiguration ausgelagert; Standardwerte unverändert.

Release und Download

Genome 1.4.1 ist als aktueller macOS-Download veröffentlicht. Das Release-Manifest und das Beta-Manifest zeigen beide auf diese Version.

• Download: Genome-1.4.1.dmg
• Größe: 12.58 MB
• SHA256: 22bfa9761917680131231fa88fc8ea6d88ba864fd450e42df79bcfb7333e383f
• Mindestversion: macOS 14.0

Analysewerkzeuge

Die Genome-Produktseite nennt die verwendeten externen Werkzeuge jetzt explizit und beschreibt ihre Rolle vorsichtig als lokale Analysebausteine:

• KILDA für LPA-Analyse
• HLA*LA für HLA-Auswertung
• T1K für HLA-Auswertung als zweite Evidenzschicht
• T1K für KIR-Genotypisierung
• Aldy4 für Pharmakogenetik
• ExpansionHunter für Repeat-Expansionen
• Microarray-Panel für SNP-Erfassung, je nach Panel ungefähr 2 Mio. oder 25 Mio. SNPs
• PGS Catalog-Dateien für PGS-Score-Bestimmung

Genome verändert die Upstream-Semantik dieser Werkzeuge nicht. Berichte trennen Rohdaten, technische Evidenz und Interpretation sichtbar voneinander.

PDF-Berichte

Die Website beschreibt die PDF-Ausgabe jetzt entlang der beiden primären Berichtstypen:

• Medizinische Genomik: HLA, KIR/T1K, LPA/KILDA, Repeat-Expansionen, SNP-Kontext, PGS-Scores und technische Evidenz.
• Pharmakogenetik: PGx-Varianten, Aldy4-Ergebnisse, Diplotypen, Gen-Wirkstoff-Kontext und vorsichtige Interpretation.

Website-Galerie

Der fehlerhafte erste Screenshot wurde aus der Genome-Galerie entfernt. Die Galerie startet jetzt mit dem stabilen Konvertierung-Screenshot.

Berichte und Ergebnisdarstellung

Genome 1.3.0 fokussiert die Berichtsausgabe weiter auf nachvollziehbare, lokal erzeugte Ergebnisse:

• PDF bleibt der primäre Exportpfad.
• Ergebniszeilen sind klarer hervorgehoben.
• Risiko- und Kontextinformationen sind deutlicher getrennt.
• Rohdaten und technische Evidenz bleiben am Ende nachvollziehbar erhalten.

Tool- und Workflow-Stabilität

Die App-Oberflächen für lokale Bioinformatik-Workflows wurden weiter auf direkte Voraussetzungen und ruhige Statussprache getrimmt:

• Tools und Referenzen zeigen klarer, was bereit ist und was fehlt.
• Validierungs- und Testflächen bleiben näher an echten Eingaben und erwarteten Tool-Ausgaben.
• Externe Analysepfade bleiben lokal und ohne Cloud-Upload.

Website und Update-Manifest

Die öffentliche Homepage und das Update-Manifest verweisen jetzt auf Genome 1.3.0:

• Download: Genome-1.3.0.dmg
• Größe: 10.83 MB
• SHA256: 9307068fc208f3660caf5e1c10aa24c8c57f8ae9edf92d0e2a185b5c16289c46

HLA-Bericht: Klinische Annotationen

Der HLA-Typisierungsbericht zeigt jetzt direkt in der Genotyp-Tabelle krankheitsrelevante Annotationen, ohne Klick, ohne Wechsel:

• 10 klinische Referenzeinträge (DR3, DR4, B27, B57:01 u.a.) sind eingebaut
• Anmerkungen erscheinen als kompakte Tags inline am Allel
• Lange Anmerkungs-Tags expandieren ohne Layout-Sprung
• Q-Scores werden auf 4 Nachkommastellen formatiert
• Detail-Cards heißen jetzt korrekt „Allel 1” / „Allel 2” (statt Chromosom 1/2)

Variant-Calling: Scatter-Gather (β)

Im Entwickler-Menü gibt es einen neuen Schalter für GATK HaplotypeCaller:

• Ruft alle Chromosomen parallel auf (statt sequenziell)
• Auf einer 8-Kern-Maschine messbar schneller als der Standard-Lauf
• Höherer RAM-Bedarf (~2 GB pro Chromosom), automatische Begrenzung auf 4 parallele Jobs
• Standard-Pfad bleibt unverändert; Toggle nur wenn GATK + Entwickler-Modus aktiv

Visuelle Konsistenz

• Bemerkungsfeld in Vorlagen ist jetzt mehrzeilig (Beschreibung mit echten Zeilenumbrüchen)
• Add-Menü-Dropdowns visuell aufgeräumt

Zuverlässigkeit

• Pipeline-Tool-Einstellungen (Sortierer, Markdup, Sambamba-Toggle) bleiben jetzt zwischen App-Starts erhalten, vorher gingen die Auswahlen still verloren
• VEP-Erkennung berücksichtigt jetzt den Pfad der Referenz-Library, vorher wurde VEP fälschlich als nicht installiert gemeldet, wenn die Bibliothek außerhalb des Standardpfads lag
• Stdout/Stderr-Streams werden bei externen Tools jetzt sauber getrennt verarbeitet, verhindert verschnittene Logzeilen bei bwa mem und ähnlichen Tools
• HLA-Datei-Lesefehler werden jetzt mit konkreter Meldung angezeigt statt mit generischem „Datei nicht gefunden”

Pipeline-Stabilität

• Fortschrittsanzeige bei GATK-Stillstand in repetitiven Genomregionen (Zentromere, Heterochromatin) zeigt jetzt einen erklärenden Hinweis statt Verdacht auf Hänger
• Y-Haplogruppen-Zuordnung prüft ALT-Allele jetzt exakt, verhindert falsch-positive Matches bei Indels
• BAM/CRAM-Lesefehler bei beschädigten Header-Sequenzen werden früher erkannt

HLA-Bericht

Der HLA-Typisierungsbericht wurde visuell überarbeitet und folgt jetzt dem PJ-Labs-Dokumentstil:

• Ruhige Cards ohne farbige Linksstreifen, die Überschrift jeder Sektion reicht als Abgrenzung
• Einheitliche Eckenradien bei Code-Blöcken, Nomenklatur-Erklärung und Ambiguitäts-Listen
• Warnmarker bei unsicheren Ergebnissen (Q-Score < 0,5) in Warnungs-Orange statt Fehler-Rot, semantisch korrekt: „unsicher” ist nicht „ungültig”
• Tastatur-Fokus auf Links und aufklappbaren Details ist jetzt deutlich sichtbar
• Terracotta-Header bleibt in Dark-Mode identisch zur Light-Darstellung

Zuverlässigkeit

• ClinVar-Annotation: Fehler beim Nachschlagen (z. B. fehlende Referenzdateien, bcftools-Probleme) werden jetzt im Log angezeigt, statt leere Ergebnisse zurückzugeben
• FASTQ-Pipeline: Nicht-kritische Flagstat-Fehler werden als Warnung geloggt, die Pipeline läuft weiter, vorher wurden sie stumm verworfen
• Y-Haplogruppen-Analyse: Datumsformatierung wird wiederverwendet, die Analyse läuft einen Tick schneller

Aufräumen

• App-Icon-Bundle um ungenutzte Legacy-Varianten reduziert (240 KB kleiner)

Pipeline

• FASTQ-Pipeline in 8-Step-Architektur mit adaptiver Thread-Zuweisung
• fixmate -u unkomprimierter Pipe-I/O zwischen Zwischenschritten
• Parallele Index- und Flagstat-Ausführung (Steps 7-8)
• UserDefaults-Toggle fastqTrimEnabled für optionales fastp-Trimming

Domänen

• bcftools für Variant Calling und VCF-Verarbeitung
• PharmCAT für Pharmakogenomik
• HLA, Microarray und Haplogruppen als getrennte Berichtskontexte

Formate

• Microarray-Extraktion in den Genome-Formaten (Genome/CombinedKit, Genome Deep, MTHFR Genetics), GEDmatch-kompatibel
• Headerformat dynamisch an Referenzgenom angepasst (Build 37 / 38)
• MT-DNA: FASTA, BAM, VCF
• Y-Chromosom: BAM, VCF plus eigener ISOGG-Marker-Ansatz (21 Positionen, bcftools query)

UI

• Flat Design, keine Gradienten mehr
• Einheitliche Fortschrittsanzeigen (step-based, analyzeProgress 0…1)
• Bilinguale Oberfläche (Deutsch, Englisch)
• AppIcon auf Apple HIG Standard (824×824 Squircle, Padding 100, rx 185.4)