Eine rsID direkt in einer BAM-Datei suchen

Du hast eine BAM-Datei aus einer Sequenzierung und möchtest eine bestimmte rs-Nummer nachsehen? In Genome kannst du direkt in dieser Datei suchen. Du musst dafür nicht zuerst eine Genotypdatei für das gesamte Genom exportieren.

Der Ablauf: BAM laden → BAM-Suchmodus wählen → rsID eingeben → Ergebnis prüfen.

Was eine rsID mit deiner BAM verbindet

Eine rsID ist die Kennung eines Varianteneintrags in dbSNP. Sie ist kein persönliches Testergebnis. Der Eintrag beschreibt unter anderem, an welcher Position eine Variante auf einem bestimmten Referenzgenom liegt. Diese Zuordnung kann zwischen GRCh37 und GRCh38 unterschiedlich sein. NCBI erklärt den Aufbau der RefSNP-Einträge.

Eine BAM speichert ausgerichtete Sequenzreads. Sie ist keine nach rs-Nummern sortierte Genotypliste. Genome ermittelt zur rsID die passende Position und untersucht dort die Sequenzdaten. Deshalb hilft eine einfache Textsuche nach rs… in der BAM nicht weiter.

1. Datei und Voraussetzungen prüfen

Öffne Genome und lade deine BAM unter Datenverwaltung. Achte darauf, dass du die richtige Probe auswählst und die Datei vollständig vorliegt.

Für die gezielte Suche brauchst du:

• eine nach Koordinaten sortierte BAM mit zugehörigem, von Genome erkanntem Index;
• eine passende Referenz-FASTA und einen erkannten Referenzstand;
• die Werkzeuge samtools und bcftools.

Der Index ermöglicht den Zugriff auf einzelne Regionen. Ohne ihn muss die Datei zunächst indexiert werden. Prüfe den Status in Genome; die BAM-Suche startet nicht mit fehlendem Index. Die allgemeinen Voraussetzungen für regionale Zugriffe beschreibt das samtools-Handbuch.

Fehlende Werkzeuge verwaltest du unter Tools, Referenzdaten unter Referenzen. Eine vorhandene FASTA allein genügt nicht: Sie muss zur Ausrichtung deiner BAM passen. Bei einem unbekannten oder abweichenden Referenzstand solltest du zuerst die Herkunft der Datei klären.

2. In der SNP-Suche den BAM-Modus wählen

Öffne SNP Suche in der Seitenleiste. Wähle unter Suchmodus den Eintrag BAM: aus Alignment-Datei. Die Suche verwendet die BAM aus der Datenverwaltung.

Der TXT-Modus ist für bereits exportierte Genotypdateien gedacht. Für diese Anleitung arbeitest du mit dem BAM-Modus. Prüfe die angezeigten Voraussetzungen oberhalb der Eingabe. Bezeichnungen und Ergebnisdetails können je nach installiertem App-Stand abweichen.

3. rs-Nummern eingeben und suchen

Trage die gewünschte Kennung vollständig mit rs und den folgenden Ziffern ein. Du kannst mehrere rsIDs eingeben, am übersichtlichsten eine pro Zeile. Verwende beispielsweise eine Kennung aus einer Veröffentlichung oder einem dbSNP-Eintrag.

Starte die Suche über das Lupensymbol oder mit ⌘ Eingabe. Genome löst die rsIDs für den Referenzstand auf und wertet die entsprechenden Positionen in deiner BAM aus.

Die BAM und ihre Reads werden lokal verarbeitet. Für die Zuordnung von rsIDs kann Genome die NCBI-RefSNP-Schnittstelle abfragen; dabei werden die angefragten Kennungen übermittelt. Ein vorhandener lokaler Cache beziehungsweise eine passende lokale Datenbank kann bei Ausfällen helfen. Eine vollständig verfügbare Offline-Zuordnung für jede rsID ist damit nicht garantiert.

4. Den Treffer zusammen mit seiner Qualität lesen

Prüfe zuerst Kennung, Chromosom, Position und Referenzstand. Sie zeigen, welche Stelle tatsächlich ausgewertet wurde. Lies anschließend den Genotyp zusammen mit den verfügbaren Angaben zur Abdeckung, Unterstützung der Allele und Qualität.

Ein angezeigter Genotyp ist nur so belastbar wie seine Datengrundlage. Wenige verwertbare Reads, widersprüchliche Signale oder ein technischer Fehler können eine eindeutige Aussage verhindern. Kein auswertbarer Genotyp bedeutet nicht, dass die Variante ausgeschlossen ist. Auch -- ist kein Beleg für den Referenzgenotyp.

Der optionale Datenbankabgleich ergänzt Informationen zu einer Variante. Er ersetzt weder die Messung in deiner Probe noch die Prüfung ihrer Qualität. Genome dient Forschung und Bildung, nicht der Diagnose oder der Auswahl einer Behandlung.

Wenn die Suche nicht weiterkommt

Meldung oder Beobachtung	Nächster Schritt
Keine BAM geladen	Die Datei unter Datenverwaltung auswählen.
Index fehlt	Die BAM indexieren und den erkannten Indexstatus prüfen.
Referenz fehlt oder passt nicht	Referenzstand der BAM klären und die passende FASTA bereitstellen.
rsID lässt sich nicht zuordnen	Schreibweise und dbSNP-Eintrag prüfen; auch eine nicht erreichbare Datenquelle kann die Ursache sein.
Ergebnis fehlt oder ist unsicher	Abdeckung, Qualitätsangaben und Protokoll prüfen. Daraus keinen negativen Befund ableiten.

Die Genome-Hilfe begleitet die Einrichtung. Auf der Downloadseite findest du die verfügbare Version. Wenn du nur öffentliche Informationen zu einer rsID nachschlagen möchtest, kannst du die rsID-Web-App verwenden. Sie ist nicht die hier beschriebene lokale BAM-Auswertung.